Dinas Perhubungan mempunyai tugas pokok melaksanakan kewenangan Otonomi Daerah di bidang Perhubungan meliputi Perhubungan Darat, Perhubungan Sungai dan Danau.
Dalam melaksanakan tugas kedinasan tersebut, Dinas Perhubungan Kabupaten Hulu Sungai Utara dipimpin oleh seorang Kepala Dinas yang dibantu oleh:

1. Sekretariat yang dipimpin oleh seorang Sekretaris dibantu 2 (dua) Sub Bagian yaitu Sub Bagian Keuangan dan Tata Usaha; dan Sub Bagian Program dan Data.

2. Bidang Lalu Lintas Angkutan Darat yang dipimpin oleh seorang Kepala Bidang dibantu oleh 2 (dua) Seksi yaitu Seksi Keselamatan Lalu Lintas Jalan; dan Seksi Angkutan dan Terminal.

3. Bidang Lalu Lintas Angkutan Sungai dan Danau dipimpin oleh seorang Kepala Bidang dibantu oleh 2 (dua) Seksi yaitu Seksi Keselamatan Lalu Lintas Sungai dan Danau; dan Seksi Angkutan dan Kepelabuhan.

4.Unit Pelaksana Teknis Dinas (UPTD).

5. Kelompok Jabatan Fungsional.